Az eltérő nemzeti ösztönzési rendszerek és a bioüzemanyagokra vonatkozó rendeletek uniós harmonizációjának hiánya egyelőre gátolja a jelentősebb befektetések elindítását. A különböző megújuló energiák és ezen belül a bioüzemanyagok uniós szintű, hivatalos minősítő rendszerének kidolgozása folyamatban van. Az új szabályozás lehetővé fogja tenni az üzemanyagokba bekevert biokomponensek minősítését környezetvédelmi, gazdaságpolitikai és élelmiszer-ellátás biztonsági szempontból.
Régiónkban a MOL-csoport élenjáró szerepet vállal a biotartalmú üzemanyagok piaci bevezetésében, ám ezek forgalmazását komoly előkészítési, fejlesztési és kivitelezési munka előzte meg. Első lépésként a bio-ETBE nevű, nagy oktánszámú és kedvező keverési tulajdonságokkal bíró motorbenzin-komponens gyártása valósult meg Százhalombattán és Pozsonyban. Az önállóan, külső licencpartner bevonása nélkül végrehajtott sikeres üzemkísérleteken alapuló változtatásoknak köszönhetően 2005-ben a Dunai Finomító MTBE üzeme, 2006-ban a Slovnaft MTBE egysége állt át ETBE-gyártásra.

A motorbenzin és gázolaj biokomponensének további összetevőjét etanol és biodízel bekeverésével valósította meg a társaság. Az etanol bekeverését célzó projektet tíz hónapos kísérletsorozat előzte meg, amely során felmérték az etanol szénhidrogénektől eltérő tulajdonságai miatt kialakuló potenciális kockázatokat. A felmérés a komponens fogadásának, a termék forgalmazásának körülményeit vizsgálta, de gépjárművekkel végzett teszteket is magában foglalt. A kedvező eredmények lehetővé tették, hogy az etanolt már a finomítóban bekeverjék, majd a terméket csővezetékeken juttassák a motorbenzin elosztását végző terminálokra. Ez az iparban jelenleg egyedülálló megoldás, és a beruházási költségek jelentős megtakarításával járt. A biodízelt a szlovákiai és exportpiacok számára 2006 óta szintén a finomítókban keverik a gázolajba. A szükséges biodízel meghatározó részét két, részben MOL-tulajdonú biodízelgyártó vegyesvállalat biztosítja. A szlovákiai Leopoldovban a MEROCO a.s., valamint Komáromban a ROSSI Biofuels cégekkel közösen létrehozott üzemek 250 ezer tonna biodízel gyártására képesek, a gyárak üzembe helyezése és tesztüzemelése már a végéhez közeledik.

A MOL 2008. január 1-jétől immár minden töltőállomásán kiemelkedő minőségű, 4,4 százalék biokomponens tartalmú motorhajtóanyagot - benzint és dízelgázolajat - kínál. Azzal, hogy a motorbenzint biotartalmú E5 üzemanyaggal váltották ki, Magyarország széndioxid-kibocsátása évi 100 ezer tonnával csökkent, míg a gázolajat felváltó B5 üzemanyag további 220 ezer tonnával csökkenti ezt az emissziót.