Az 1980-as években a beruházások egyötöde már közvetlenül vagy közvetve környezetvédelmi célokat szolgált. Csökkent az üzemanyagok kén- és benzoltartalma, 1999-től pedig már csak ólommentes benzin került forgalomba. A 2000-es évek a termékek minőségfejlesztése jegyében zajlottak. Az üzemanyagok kéntartalmára vonatkozó előírásoknak köszönhetően jelentősen csökkent a kén-dioxid- és toxikus fémkibocsátás. Az üzemben megvalósult fejlesztéseknek köszönhetően egyre kevesebb negatív hatás éri a dolgozókat és a környéken élőket.

A környezetvédelem fogalomkörébe szervesen beépült a fenntartható fejlődés, ami azt jelenti, hogy a társadalmi szempontok meghatározzák a DUFI mindennapi tevékenységét. Jó példa erre a helyi általános iskolák számára már harmadik alkalommal megrendezett "Ki tud többet a kőolaj-feldolgozásról?" vetélkedő.

 

A legnagyobb problémát okozó kipárolgó szénhidrogének csökkentése érdekében számos projekt valósult meg. Ilyen volt a merevtetős tartályok belső úszótetővel való ellátása, a zárt rendszerű tankautó-töltő megépítése, a véggázkezelő egységek üzembe helyezése, a vasúti és uszálytöltők korszerűsítése, valamint megfelelő minőségű tömítések alkalmazása.

 

A nitrogén-oxid kibocsátás csökkentése érdekében felújításra kerültek a tüzelőberendezések, égőcserék történtek. A kén-dioxidkibocsátást alacsony kéntartalmú fűtőanyag és alacsony kénhidrogén tartalmú fűtőgáz biztosításával mérsékelték. Ezt támogatta a maradék-feldolgozási projekt, a kénkinyerő üzemek rekonstrukciója, a Claus-6 üzem megépítése, illetve a bitumen üzemi fúvatási gázok kezelése is.

A szálló por kibocsátásának csökkentésére irányuló erőfeszítések közül legjelentősebb a Katalitikus Krakk üzem elektrosztatikus porleválasztójának megépítése volt 2008-ban. Üzembe helyezése óta évente több tíz tonna szilárd anyagot gyűjt össze, megakadályozva, hogy az a környezetbe kerüljön.

Az utóbbi évek nagyszabású projektjei között érdemes még megemlíteni a központi gázüzem átalakítását a megfelelő minőségű fűtőgáz kiadása érdekében, az illékony szerves vegyületek csökkentésére irányuló LDAR program bevezetése, az elfáklyázott gázok csökkentését célzó fáklyagáz-hasznosító, valamint a MEK üzemi oldószer-visszanyerő egység építése.

 

A MOL különféle energiahatékonysági projekteket indított a szén-dioxid kibocsátás mérséklésére. Ilyen volt a csőkemencék, forgógépek felülvizsgálata és a lepárló oszlopok hatékonyabb üzemeltetése.

 

A kőolaj-feldolgozás rendkívül vízigényes technológia. A vízfelhasználás csökkentése érdekében már az 1960-as években visszaforgató hűtővízrendszer létesült a DUFI-ban. A különböző technológiai folyamatokból származó szennyvizek tisztítására olajfogó és –visszanyerő, valamint szennyvíztisztító berendezés készült.

 

A szigorodó jogszabályok következtében technológiai fejlesztés vált szükségessé, amely során szétválasztották a jelentősen szennyezett technológiai "process" és a nem szennyezett "non-process" áramokat. A 2005-ben megépült biológiai szennyvíztisztítónak köszönhetően jelentősen csökkent a környezetterhelés mértéke. A telep biztonságos működtetése érdekében a szennyvizet naponta bevizsgálják a DUFI saját, akkreditált laboratóriumában.

 

Az 1980-as évek elején jelentős talajvízszint-emelkedést észleltek az üzem területén, amelynek vizsgálatára talajvízfigyelő kúthálózatot létesítettek. Az elemzés során észlelt szénhidrogén-szennyezés továbbterjedésének megakadályozása érdekében talajvízvédelmi rendszert építettek. A szennyezés kijutását 10 kilométer hosszú folyadékzáró betonfal, úgynevezett résfal akadályozza meg.

 

A védelmi rendszerhez közel ötszáz talajvíz-figyelő kút és több mint száz folyadék-kitermelő egység tartozik. Ezek ellenőrzésével, vízkémiai vizsgálatával folyamatosan nyomon követhető a folyadékszint ingadozása és szénhidrogén-tartalma. A rendszer alkalmas az esetlegesen megjelenő újabb szennyezések felderítésére és megszüntetésére is.

 

A finomítóban keletkező hulladékokat 2003 óta erre a célra épült Hulladékudvaron gyűjtik. Elsősorban a nem technológiai folyamatok során keletkezett - karbantartási, bontási - hulladékok szétválogatása, előkezelése történik itt. Ami nem hasznosítható, az égetőműbe vagy külső ártalmatlanításra kerül. Mára már nincs szabálytalanul tárolt veszélyes hulladék, a hulladékkezelő létesítmények hálózata pedig a legszigorúbb előírásoknak is megfelel a DUFI-ban.

 

A finomító egyik fontos célja a zajforrások okozta terhelés csökkentése, aminek érdekében zajtérkép készült. Jelenleg ennek a segítségével a műszaki zajcsökkentés lehetőségeinek feltárása folyik.